Ototrof bakteriler besin üretmek için güneş enerjisi ya da kimyasal enerji kullanırlar.

Fotosentez
Fotosentetik (fotoototrof) bakteriler klorofil pigmenti sayesinde güneş ışığının soğurulmasıyla elde ettikleri enerjiyi, besin üretimi için kullanırlar.
 

Güneş Işığı ve Klorofil ⇒ Güneş Enerjisi CO2 + H2O ⇒ Güneş Enerjisi ⇒ Besin + O2 CO2 + H2S ⇒ Güneş Enerjisi  ⇒ Besin + S CO2 + H2 ⇒ Güneş Enerjisi ⇒ Besin

Kemosentez
Kemosentetik (kemoototrof) bakteriler, inorganik maddeleri oksitleyerek kimyasal enerji elde ederler. Bu enerjiyi besin üretimi için kullanırlar.
 

NH3 + O2 ⇒ NO2− + H2O + Kimyasal Enerji CO2 + H2O ⇒ Kimyasal Enerji ⇒ Besin

Ortak yönler

• Besin üretimi

Hem fotosentetik hem de kemosentetik bakteriler, inorganik maddeleri kullanarak organik besin sentezler.

• CO₂ kullanımı

Hem fotosentetik hem de kemosentetik bakteriler, besin üretimi için karbon kaynağı olarak karbondioksit kullanılar.

Farklı yönler

• Enerji kaynağı

Fotosentetik bakteriler enerji kaynağı olarak güneş enerjisini, kemosentetik bakteriler ise kimyasal enerjiyi kullanırlar.

Bu nedenle fotosentetik bakteriler yalnızca gündüzleri, kemosentetik bakteriler ise sürekli besin üretebilirler.

• Enerji elde etme yöntemi

Fotosentetik bakteriler klorofil sayesinde güneş ışığını soğurur ve bu enerjiyi besin üretirken kullanır.

Kemosentetik bakterilerde kimyasal enerji elde etmek için inorganik maddelerin oksidasyonu görülür.