Parçalama
Bakteriyofajların çoğalma döngüleri şu adımlardan oluşur:

• bağlanma (adsorbsiyon)
• sızma (penetrasyon)
• latent dönem (uyku/gizli evre)
• parçalama (liziz)

Son aşama olan parçalama evresi, fajın bakteri hücresini parçalayarak ya da parçalamaksızın terketmesidir.

Enfeksiyon
Bakteriyofajların bir bakteri hücresini enfekte etmesi (çoğalması) iki şekilde gerçekleşir.

• litik döngü (litikfaj döngüsü, İng: lytic cycle)
• lizogenik döngü (İng: lysogenic, non-lytic cycle)

Litik döngü
Litik döngü (litikfaj döngüsü ya da litik enfeksiyon), bakteriyofajın enfekte ettiği bakteri hücresini parçalayarak (lize ederek) terk etmesidir. Bu tür bakteriyofajlara virulent faj da denir.
 
Profaj
Latent (gizli, sessiz, uyur İng: latent) evrede fajlar genetik materyalini konak bakteri genomuna entegre eder. Böyle fajlara profaj ya da endojenfaj denir. Henüz bakteri içinde oluşmuş hiçbir faj yoktur.

Bazen faj genomu ile bakteri kromozomları o kadar bütünleşmiştir ki entegre olan faj DNA'sı bakteri DNA'sı ile birlikte çoğalarak yeni nesillere aktarılır.

Profajın varlığından etkilenmeyen bakteri hücresinde (lizojenik bakteri), lizojenik durum (lizogeni) uzun süre devam edebilir.

Lizogenik döngü
Lizogenik döngü (lizojenik, litik olmayan enfeksiyon), fajın konak bakteri hücresini parçalamadan terk etmesidir. Bu tür fajlar bakterinin beslenme ve çoğalma gibi faaliyetlerini etkilemezler. Bunlara izogenikfaj ya da ılımlı (İng: temperate) faj da denir.
 
Lizogenetik döngü devam ederse fajın DNA'sı, çoğalan her bakteri hücresinde yer almaya devam eder. Bazen de lizogenik döngü son bularak litik döngü başlar ve faj bakteriyi parçalayarak serbest kalır.