pH derecesi
Enzimler pH değişimlerine karşı duyarlıdır ve her enzimin bir optimum pH derecesi vardır. Bir kısım enzim aktivitesini bazik, bir kısmı asidik, bir kısmı ise nötr ortamda en iyi şekilde gösterebilirler. Enzimlerin çalıştığı ortamda gerçekleşen ani pH değişimi enzimlerin bozulmasına neden olabilir.
 

enzim	görevi	pH
pepsin	midede protein sindiriminde görev alır.	2	asidik
amilaz	ağızda karbonhidrat sindiriminde  görev alır.	7	nötr
tripsin	ince bağırsakta protein sindiriminde görev alır.	8,5	bazik

Su
Enzim aktivitesinin gerçekleşmesi için ortamda belirli bir oranda suyun bulunması gerekir. Bu oranın altında (genellikle %15) enzim etkinlik gösteremez. Bunun nedeni enzim substrat etkileşiminin sağlanması için moleküllerin birbirine çarpmasını sağlayacak sıvı bir ortamın gerekliliğidir.

Örneğin kurutulan besinlerde su yoğunluğunun çok düşük olması mikroorganizmaların sahip olduğu ve çürümeye neden olan enzimlerin işlevini engeller. Sonuç olarak bu besinler bir müddet bozulmadan saklanabilir.

Bal ve reçelin sulandırıldığında bozulmasının nedeni, ortamdaki suyun mikroorganizma enzimlerinin etkinlik gösterebileceği miktarda olmasıdır.

Kimyasal maddeler
Enzimlerin etkinliğini etkileyen iki tür kimyasal madde vardır:

• aktivatör
• inhibitör

Enzimlerin etkinliğini artıran kimyasal maddelere aktivatör denir. Aktivatörler enzim ile substratın etkileşimini kolayştırırlar. Bazı tepkimelerde kalsiyum, klor ve magnezyum gibi iyonlar aktivatör şeklinde görev alır.
 
İnhibitörler ise enzimin aktif merkezine bağlanarak enzim ve substratın birleşmesini engelleyerek enzim etkinliğini yavaşlatır veya aktif merkezi bozarak enzimin etkinliğini sonlandırır. Örneğin siyanür, solunumda görev alan enzimlerin faaliyetlerini durdurarak zehirlenmeye neden olur. Kurşun, civa, bakır gibi ağır metaller de inhibitör maddedir.