Substrat
Enzimlerin etki ettiği maddeye substrat ya da etkinen madde denir.

Aktif bölge
Proteinden oluşan apoenzim, substrat maddeyi belirleyen ve özgün bir şekli olan moleküldür. Substrat apoenzime bağlanır. Geçici bağlanmanın olduğu bu kısma aktif bölge ya da aktif merkez denir.

Ürün
Enzim etkinliği substratın en dış yüzeyinden başlar. Enzim etki ettiğinde substrat ürüne dönüşür. Gerçekleşen reaksiyondan sonra enzimin kendisi hiçbir değişikliğe uğramaz.

Anahtar kilit
Enzim ile etki ettiği madde arasında anahtar kilit ilişkisi vardır. Her enzim ancak belirli bir substrat maddeye etki edebilir.

Mekanizma
Aşağıdaki şekilde enzimlerin çalışma mekanizması verilmiştir.
 

• Enzim ile substrat enzimin aktif bölgesinde birbirine bağlanır.
• Aktif bölgede enzim-substrat kompleksi oluşur. Bu esnada enzimin şekli değişerek, aktif bölge substratın etrafını sarar.
• Substrat ürün haline dönüşür ve enzimden ayrılır.
• Enzimde herhangi bir değişiklik olmaz.

Döngü
Verilen şekil aşağıdaki gibi formülize edilebilir. Bu çevrime enzimlerin çalışma mekanizmasına ya da katalitik döngüsü denir.
 

Enzim + Substrat → Ürün + Enzim

Örnek
Sükrozun sükraz ile tepkimeye girmesiyle glikoz ve fruktoza parçalanır. Sükraz enzimi ile sükroz substratı birbirine bağlanır. Tepkimenin gerçekleştiği ortamda belirli bir miktarda su da olmalıdır. Sonuçta sükroz glikoz ve fruktoz ürünlerine parçalanır ve sükraz değişmeden kalır.
 
Enzimler genellikle takım halinde çalışır.